Geant4: PDBlib 클래스 참조

PDBlib Class. 더 자세히 ...

#include <PDBlib.hh>

Public 멤버 함수
	PDBlib ()
	First constructor. 더 자세히 ...

	~PDBlib ()
	Destructor. 더 자세히 ...

Molecule *	Load (const std::string &filename, unsigned short int &isDNA, unsigned short int verbose)
	Load PDB file into memory. 더 자세히 ...

Barycenter *	ComputeNucleotideBarycenters (Molecule *moleculeListTemp)
	Compute nucleotide barycenter from memory. 더 자세히 ...

void	ComputeBoundingVolumeParams (Molecule *moleculeListTemp, double &dX, double &dY, double &dZ, double &tX, double &tY, double &tZ)
	Compute the corresponding bounding volume parameters. 더 자세히 ...

void	ComputeNbNucleotidsPerStrand (Molecule *moleculeListTemp)
	Compute number of nucleotide per strand. 더 자세히 ...

unsigned short int	ComputeMatchEdepDNA (Barycenter , Molecule , double x, double y, double z, int &numStrand, int &numNucleotid, int &codeResidue)
	Compute if energy is deposited in per atom. 더 자세히 ...

Private 멤버 함수
double	DistanceTwo3Dpoints (double xA, double xB, double yA, double yB, double zA, double zB)
	return distance between two 3D points 더 자세히 ...

Private 속성
int	fNbNucleotidsPerStrand
	Number of nucleotid per strand. 더 자세히 ...

상세한 설명

PDBlib Class.

This Class define Molecule model ...

PDBlib.hh 파일의 57 번째 라인에서 정의되었습니다.

생성자 & 소멸자 문서화

PDBlib::PDBlib ( )

First constructor.

PDBlib.cc 파일의 66 번째 라인에서 정의되었습니다.

PDBlib::~PDBlib ( )

inline

Destructor.

PDBlib.hh 파일의 63 번째 라인에서 정의되었습니다.

멤버 함수 문서화

void PDBlib::ComputeBoundingVolumeParams	(	Molecule *	moleculeListTemp,
		double &	dX,
		double &	dY,
		double &	dZ,
		double &	tX,
		double &	tY,
		double &	tZ
	)

Compute the corresponding bounding volume parameters.

the corresponding bounding volume parameters

the corresponding bounding volume parameters to build a box from atoms coordinates

PDBlib.cc 파일의 662 번째 라인에서 정의되었습니다.

다음을 참조함 : DBL_MAX, Molecule::fMaxGlobX, Molecule::fMaxGlobY, Molecule::fMaxGlobZ, Molecule::fMinGlobX, Molecule::fMinGlobY, Molecule::fMinGlobZ, Molecule::GetNext().

다음에 의해서 참조됨 : DetectorConstruction::DrawBoundingVolume().

unsigned short int PDBlib::ComputeMatchEdepDNA	(	Barycenter *	BarycenterList,
		Molecule *	moleculeListTemp,
		double	x,
		double	y,
		double	z,
		int &	numStrand,
		int &	numNucleotid,
		int &	codeResidue
	)

Compute if energy is deposited in per atom.

Compute barycenters.

Compute barycenters and its coordinate for nucleotides

PDBlib.cc 파일의 760 번째 라인에서 정의되었습니다.

다음을 참조함 : DistanceTwo3Dpoints(), Barycenter::fCenterX, Barycenter::fCenterY, Barycenter::fCenterZ, Residue::fNbAtom, fNbNucleotidsPerStrand, Residue::fResName, Residue::fResSeq, Molecule::GetFirst(), Residue::GetFirst(), Barycenter::GetNext(), Residue::GetNext(), Molecule::GetNext(), Atom::GetNext(), Atom::GetX(), Atom::GetY(), Atom::GetZ(), INT_MAX, y, z.

void PDBlib::ComputeNbNucleotidsPerStrand ( Molecule * moleculeListTemp )

Compute number of nucleotide per strand.

Compute number of nucleotide per strand for DNA

PDBlib.cc 파일의 726 번째 라인에서 정의되었습니다.

다음을 참조함 : fNbNucleotidsPerStrand, Molecule::GetFirst(), Molecule::GetNext(), Residue::GetNext().

다음에 의해서 참조됨 : DetectorConstruction::DefineVolumes().

Barycenter * PDBlib::ComputeNucleotideBarycenters ( Molecule * moleculeListTemp )

Compute nucleotide barycenter from memory.

Compute barycenters.

Compute barycenters and its coordinate for nucleotides

매개변수

moleculeListTemp * moleculeList

반환값: Barycenter *

molecs->push_back(*moleculeListTemp);

PDBlib.cc 파일의 452 번째 라인에서 정의되었습니다.

다음을 참조함 : DistanceTwo3Dpoints(), Barycenter::fCenterX, Barycenter::fCenterY, Barycenter::fCenterZ, Atom::fElement, Residue::fNbAtom, Residue::fResSeq, Atom::fX, Atom::fY, Atom::fZ, Molecule::GetFirst(), Residue::GetFirst(), Molecule::GetNext(), Residue::GetNext(), Atom::GetNext(), G4INCL::Math::max(), Barycenter::SetDistance(), Barycenter::SetNext(), Barycenter::SetRadius().

다음에 의해서 참조됨 : DetectorConstruction::DefineVolumes().

double PDBlib::DistanceTwo3Dpoints	(	double	xA,
		double	xB,
		double	yA,
		double	yB,
		double	zA,
		double	zB
	)

private

return distance between two 3D points

PDBlib.cc 파일의 884 번째 라인에서 정의되었습니다.

다음에 의해서 참조됨 : ComputeMatchEdepDNA(), ComputeNucleotideBarycenters().

Molecule * PDBlib::Load	(	const std::string &	filename,
		unsigned short int &	isDNA,
		unsigned short int	verbose = `0`
	)

Load PDB file into memory.

Load a PDB file into memory.

molecule (polymer,?), read line, key words

매개변수

filename	G4String for filename
isDNA
verbose

반환값: List of molecules

PDBlib.cc 파일의 83 번째 라인에서 정의되었습니다.

다음을 참조함 : DBL_MAX, FatalException, Molecule::fCenterX, Molecule::fCenterY, Molecule::fCenterZ, Molecule::fMaxGlobX, Molecule::fMaxGlobY, Molecule::fMaxGlobZ, Molecule::fMinGlobX, Molecule::fMinGlobY, Molecule::fMinGlobZ, Residue::fNbAtom, Molecule::fNbResidue, Atom::fNumInRes, G4cerr, G4cout, G4endl, G4Exception(), int(), INT_MAX, maxY, maxZ, minY, Molecule::SetFirst(), Residue::SetFirst(), Molecule::SetNext(), Residue::SetNext(), Atom::SetNext(), x, y, z.

다음에 의해서 참조됨 : DetectorConstruction::DefineVolumes().

멤버 데이타 문서화

int PDBlib::fNbNucleotidsPerStrand

private

Number of nucleotid per strand.

PDBlib.hh 파일의 96 번째 라인에서 정의되었습니다.

다음에 의해서 참조됨 : ComputeMatchEdepDNA(), ComputeNbNucleotidsPerStrand().

이 클래스에 대한 문서화 페이지는 다음의 파일들로부터 생성되었습니다.: